Aquapol is in 2002 met een tweeledige doelstelling opgericht. Het moest komen tot een goede internationale samenwerking en afstemming tussen de betrokken politieorganisaties en ten tweede het dienen van advies aan de Europese wet- en regelgevende instanties over zaken binnen het aandachtsgebied van Aquapol.
Bij Aquapol zijn op dit moment twaalf Europese landen aangesloten. Diverse andere Europese landen hebben al interesse getoond. Vanuit Nederland nemen het KLPD en de Zeehavenpolitie van het korps Rotterdam-Rijnmond deel. Aquapol is een onderdeel van Transport en Security van de Europese Unie.