De restauratie is nodig omdat de fundering van de kerk instabiel is geworden en er sprake is van ernstige verzakkingen. Archeologen van de gemeente begeleiden de werkzaamheden. Dit laat de gemeente weten.
Op dit moment zijn door de archeologen tientallen grafkelders ontdekt waarvan een groot deel, dat onder een dikke zandlaag is begraven, bespaard gebleven. Zo het zich nu laat aanzien lopen de graven geen gevaar door de restauratiewerkzaamheden. Als blijkt dat graven door de werkzaamheden in gevaar komen is onderzoek en documentatie van de graven essentieel. De overige graven worden alleen aan de bovenkant onderzocht.
Bijzonder is ook de ontdekking van een grote kelder met daarin duizenden schedels en beenderen. Bovenop de botresten ligt een pakket zand met daarin gebrandschilderd glas. In deze kelder lijken ook de eerste stenen muurresten te zitten uit de 14de eeuwse fase van de kerk (de kerk was vroeger van hout). In de Grote Kerk liggen een aantal beroemde Nederlanders begraven, waaronder Constantijn en Christiaan Huygens. De exacte plek waar zij zijn begraven is vooralsnog echter onbekend. Het is daarom onduidelijk of hun
overblijfselen in één van de blootgelegde graven liggen. De restauratie zal eind augustus zijn afgerond.
