In 1945 meldde hij zich bij het hoofdbureau van de Amsterdamse politie, nadat zijn vader daar voor hem had gesolliciteerd.
Baantjer was de schepper van De Cock, een rechercheur in Amsterdam. Van zijn boeken zijn miljoenen exemplaren over de toonbank gegaan.
Op 29 mei 2008 werd door Peter Römer (zoon van acteur Piet Römer, beter bekend als ‘De Cock met CeeOoCeeKaa.’) in Amsterdam het Appie Baantjer Museum geopend, dat gevestigd is in de kelder van café Heffer in de Warmoesstraat. Deze locatie bevindt zich niet ver van het voormalig politiebureau waar Baantjer werkte.
In het museum kunnen bezoekers onder andere foto's van de schrijver, manuscripten en eerste drukken van Baantjerboeken bewonderen.
De schrijver woonde in Medemblik. Zijn vrouw Marretje overleed op 16 april 2007 op 78-jarige leeftijd.
Het korps Amsterdam-Amstelland laat in een reactie weten met groot verdriet kennisgenomen te hebben genomen van het overlijden van Appie Baantjer. Hij heeft bijna 40 jaar bij de Amsterdamse politie gewerkt.
'We herdenken hem als een bijzonder mens en een uitstekend rechercheur. Hij was een ambassadeur voor ons korps en het recherchewerk. Met zijn vele boeken en de tv-serie Baantjer heeft hij miljoenen mensen meegenomen in de romantiek en spanning van het recherchevak.
Wij zullen hem missen en wensen zijn nabestaanden veel sterkte'.
