Het museum heeft daarmee een bedrag van € 100.000 gewonnen. Met 40,09% van de bijna 29.000 publieksstemmen, liet het Joods Historisch Museum de overige genomineerden, Beeld en Geluid in Hilversum, Museum de Koloniehof in Frederiksoord en Museum Dr8888 in Drachten, ver achter zich. De BankGiro Loterij Museumprijs is een initiatief van het Prins Bernhard Cultuurfonds en de BankGiro Loterij, in samenwerking met de Nederlandse Museumvereniging.
Dit jaar werd de BankGiro Loterij Museumprijs uitgereikt aan het museum dat er het best in slaagt een groep of gemeenschap aan zich te binden. De vakjury selecteerde uit de 43 aanmeldingen vier musea. Via www.museumprijs.nl kon het publiek van achttien jaar en ouder van 28 februari tot en met 1 april 2013 stemmen op de genomineerde musea.
Het Joods Historisch Museum is door de jury van de BankGiro Loterij Museumprijs genomineerd vanwege het opzetten van de succesvolle Community Joods Monument, een interactieve website waar men verdwenen familieleden kan opzoeken, discussies kan voeren en voorwerpen en kennis in de collectie van het museum kan inbrengen.