Tijdens het onderzoek heeft men rekening gehouden met vier scenario’s. Een terroristische aanslag is nu de meest waarschijnlijke oorzaak. Volgens de ministers Opstelten, Hennis en Koenders zijn er twee mogelijkheden over ‘een aanslag vanaf de grond dan wel een aanslag vanuit de lucht'.
De minister schrijven dat de bewijzen dat het vliegtuig met een raket naar beneden is gehaald zich opstapelen. Hierover houdt men nog een slag om de arm. ‘Het is verleidelijk te speculeren over de toedracht van de ramp, maar juist de Nederlandse regering kan dat niet doen’ aldus de ministers.