Emmer was sinds 1994 in dienst van de krant. Zo werkte hij lange tijd als Koninklijk Huis verslaggever. De laatste jaren hield hij zich bij de krant vooral bezig met de digitale activiteiten van De Telegraaf.
Het is binnen het Telegraaf- concern al lange tijd onrustig. Zo stapte onlangs Sjuul Paradijs op na onenigheid met de Telegraaf Media Group (TMG). Tot het aantreden van de huidige hoofdredacteur Paul Jansen, nam Jan-Kees Emmer het stokje van Sjuul over.
Emmer wenst de nieuwe hoofdredacteur Paul Jansen veel succes toe. De reden waarom Emmer weg stapt is niet bekend.