Na de eerste ronden stagneerde de race enigszins. Net toen het erop leek dat Nico Rosberg net als een week geleden aan een inhaalrace wilde beginnen moest hij opgeven met motorschade. Ook Mark Webber, die de volgetankte Renault van Alonso in de openingsfase dicht op de hielen zat, moest na zijn eerste stop vrij snel opgeven. Beide Williams-coureurs vielen dus uit.
Ondertussen schaduwde de als tweede vertrokken Jenson Button de leider in de race, maar hij moest machteloos toezien hoe het gat met Fisichella langzaam opliep tot een seconde of vijf. Ofschoon Button tot zijn eerste stop een aantal ronden langer door kon rijden, was dat voldoende voor de Italiaan om de leiding te behouden. De aandacht verschoof vanaf dat moment naar het gevecht om de tweede plaats tussen Button en wereldkampioen Alonso.
Na een zeer lange eerste stint nam Alonso bij zijn eerste stop weinig brandstof mee om zo de Brit in het vizier te houden. Uiteindelijk was deze tactiek succesvol en na de tweede serie pitstops bleek de snelheid van de Renault te veel voor Button, die na de race meedeelde dat op wat oponthoud bij het op een ronde zetten van Scott Speed na, er qua snelheid verder niets meer uit de auto te halen viel.
Achter het leidende trio reed Juan Pablo Montoya in zijn McLaren onopvallend naar een vierde plaats. In de slotfase waren het de beide Ferrari-coureurs die nog voor enige spanning zorgden. Na hun laatste pitstops lag de als laatste vertrokken Massa voor de als veertiende gestarte Michael Schumacher. De historie leert ons dat een dergelijke situatie nog wel eens aanleiding was voor wat radioverkeer met de Ferrari-pit. De 'orders' van Ferrari-teambaas Jean Todt bleven echter uit en zo finishte Massa als vijfde voor Schumacher. Jacques Villeneuve en Ralf Schumacher pakten de laatste punten.
Christijan Albers wist in tegenstelling tot vorige week de race uit te rijden. De Nederlander kende een goede race met enkele flinke gevechten op de baan en bleef teamgenoot Monteiro ruim voor tijdens de race. Albers finishte de race op een twaalfde positie.
Uitslag race Grand Prix Maleisie