In 2012 was het verlies over de eerste zes maanden 112,6 miljoen euro. Dit heeft het bedrijf dinsdag bekendgemaakt, zo schrijft het Parool. Het verlies is ontstaan doordat het bedrijf kosten moest afboeken voor de herstructurering van het bedrijf. Deze kosten waren al eerder aan het licht gekomen. Zo schreef het bedrijf 40 miljoen euro af in de Benelux en op het onderdeel Marine. Daarbij trok het bedrijf 62 miljoen euro uit voor de kosten van de reorganisatie en de herfinanciering. Het bedrijf liet weten dat de herstructurering, waarbij ongeveer 1300 banen verdwijnen, op koers ligt. In het begin van 2013 kwam Imtech in grote financiële problemen door fraude bij projecten in Polen en Duitsland door lokale Imtechbestuurders. In Polen werkte het bedrijf mee aan een pretpark, maar beloofde vooruitbetalingen kwamen nooit binnen. In Duitsland werden de cijfers gemanipuleerd. Hierdoor moest het bedrijf honderden miljoenen afschrijven op projecten. Om dit in de toekomst tegen te gaan, heeft het bedrijf de controlesystemen aangescherpt en is het management versterkt. Bestuursvoorzitter Gerard van Aalst zegt in de krant dat er vooralsnog geen verdere problemen boven water zijn gekomen.
Door de omvangrijke fraude bij Imtech in Polen en Duitsland kwamen de topbestuurders Van der Bruggen en Gerner onder druk te staan om hun beloningen in te leverern. De beide oud-bestuurders gaan nu hun bonussen over de jaren 2010 en 2011 terugbetalen. Zo zal René van Bruggen een bedrag van 1,5 miljoen euro in de kas terugstorten. En financieel topman Boudewijn Gerner betaalt een bedrag van 700.000 euro terug. De bedragen bestaan uit zowel de bonus uitgekeerd in contanten als de bonus uitgekeerd in aandelen over die jaren, aldus Imtech. Over 2012 zagen de bestuurders al af van een bonus.