Echte reden van de sluiting was dat de veiligheid in het geding was. Dit melden de Volkskrant en het programma Brandpunt Reporter op basis van eigen onderzoek. Tot nu toe was de echte reden voor het stilleggen niet bekendgemaakt. Door een beroep te doen op de Wet openbaarheid van bestuur (WOB) kregen de Volkskrant en Brandpunt Reporter 700 documenten in handen. Hieruit bleek dat bijvoorbeeld dat in een afvaltank in Petten vorig jaar een hoeveelheid uranium is gemeten die een spontane kettingreactie had kunnen veroorzaken. De meting bleek achteraf niet te kloppen maar de exploitant NTG had direct de twee productielijnen van medische isotopen stil moeten leggen om zo het personeel te beschermen. Omdat maar één productielijn was stilgelegd, greep de toezichthouder, de Kernfysische Dienst, in.
Bij een ander incident negeerde het personeel in de regelkamer een kapotte gasreactor, waardoor wekenlang niet geregistreerd kon worden of er radioactieve lucht naar buiten ontsnapte.
De directie van de exploitant NRG laat weten dat ze achteraf erg geschrokken is van de falende veiligheidscultuur in haar bedrijf. Het ministerie van Economische Zaken was wel op de hoogte van de reden van de tijdelijke sluiting. Dat legde NRG een hoge voorwaardelijke boete op, zo bleek uit één van de stukken die verkregen is op basis van de Wet openbaarheid van bestuur (WOB) . De Tweede Kamer werd nooit geïnformeerd.
De sluiting tussen november 2013 en februari 2014 was niet de eerste. In 2002 moest de reactor ook al een maand worden stilgelegd toen bleek dat het personeel en de leiding veiligheidsvoorschriften niet volgden. Door de situatie van vorig jaar zijn enkele staf-leden zijn non-actief gezet voor het negeren van 'essentiële veiligheidsregels'. Alle managers hebben hun kennis over de veiligheidsvoorschriften moeten bijspijkeren. Volgens de directie van de reactor in Petten is de veiligheidssituatie nu 'significant beter'.