Zittenblijven kost de schatkist jaarlijks circa 500 miljoen euro, ofwel 3% van de uitgaven aan het primair onderwijs (PO) en voortgezet onderwijs (VO). Daarnaast zijn er indirecte kosten. Doordat zittenblijvende leerlingen later de arbeidsmarkt betreden, missen zij inkomen. Hierdoor loopt de overheid ook belasting- en premie-inkomsten mis. Volgens een gestileerde (indicatieve) berekening ligt dit bedrag in de orde van 900 miljoen euro per jaar. Ongeveer twee derde van alle financiële kosten heeft betrekking op het VO. Hiernaast kan zittenblijven sociaal-emotionele ‘kosten’ met zich meebrengen en de prestaties van zowel de zittenblijver als medeleerlingen beïnvloeden. Dit schrijft het CPB op de website.
Zittenblijven kan wel leerwinsten opleveren. Bij jonge kinderen in het PO worden positieve effecten gevonden, maar deze lijken na een aantal jaar uit te werken. In het VO is zittenblijven een manier om het onderwijsniveau op peil te houden. De harde eindexameneisen die de Nederlandse overheid stelt, werken door naar de eisen die worden gesteld aan de overgang tussen eerdere leerjaren.
Zittenblijven is een bot instrument. Een leerling ondergaat een vol jaar hetzelfde onderwijsprogramma, terwijl de achterstand vaak betrekking heeft op een deel daarvan. Er zijn alternatieven die zich specifiek richten op de zwakke plekken van (potentiële) zittenblijvers. Dit leidt tot minder verspilling. In het PO kan bijvoorbeeld vaker worden voorkomen dat jonge kinderen met een achterstand het onderwijs instromen. In het VO kan een gerichte verlenging van de onderwijstijd effectief zijn, bijvoorbeeld via zomerscholen of bijspijkercursussen. Om het alternatieve beleid te laten slagen, moeten scholen meer worden geprikkeld om zittenblijven te voorkomen. Een school wordt nu volledig financieel gecompenseerd voor een jaar extra onderwijs, maar niet voor minder kostbare alternatieven.