In dit nieuwe museum wordt de onzichtbare wereld van micro-organismen zichtbaar gemaakt. Bezoekers kunnen kennismaken met de kleinste organismen op aarde: microben. Een micro-organisme of microbe is een wezen dat te klein is om met het blote oog te kunnen zien. Zo past bijvoorbeeld een bacterie, een van de kleinste microben, meer dan één miljoen keer op de punt van een naald. Micro-organismen zoals bacteriën, schimmels, gisten, (micro)algen, archaea, virussen en microdiertjes maken het leven op aarde mogelijk.
Micropia heeft tot doel meer inzicht te verschaffen in de microwereld en de kennis over de functie en het nut van microben bij het publiek te vergroten. Naast het museum doet zij dat onder andere door het aanbieden van colleges, het organiseren van evenementen en congressen en het aanbieden van achtergrondinformatie via de website. Hiermee wil Micropia ook een platform zijn, een verbindende schakel tussen wetenschap en publiek.