Het NRC gebruikte voor een onderzoek naar de punctualiteit van de Fyra en de Intercity Direct sinds 2013. Halve wegen die maand werd de Fyra van het spoor gehaald door allerlei technische mankementen.
De uitval van de treinen varieert van minimaal 5,3 procent (Amsterdam-Breda op zondag) tot 11,5 procent (Breda-Amsterdam op vrijdag). Vooral de spitstrein van 17.10 uur vanuit Amsterdam scoort slecht. Deze van één op de vijf keer uit.
Van de treinen die vanuit Rotterdam vertrekken valt 17 procent uit. In 30 procent van de gevallen heeft de trein een vertraging tot vier minuten.