Keizer was het afgelopen seizoen als trainer verantwoordelijk voor Jong Ajax. Met het beloftenelftal pakte de oefenmeester een periodetitel en eindigde het team op de tweede plaats in de Jupiler League. Voor zijn komst naar Amsterdam was hij werkzaam als hoofdtrainer van FC Emmen. Op 13 februari 2016 werd hij aangesteld als hoofdtrainer van SC Cambuur Leeuwarden, waar hij eerder als technisch manager actief was. Van 2012 tot 2014 was Keizer hoofdcoach van SC Telstar.
Als speler was Keizer actief binnen de jeugdopleiding van Ajax en debuteerde op 10 april 1988 in het eerste elftal. In totaal speelde hij vier officiële wedstrijden in de hoofdmacht van Ajax. In 1989 vertrok Keizer naar Cambuur Leeuwarden. Via De Graafschap en FC Emmen sloot hij zijn loopbaan als speler in 2002 af, waarna hij zijn trainerscarrière begon.
Algemeen directeur Edwin van der Sar: ,,Vanaf het moment dat de kans bestond dat wij op zoek moesten naar een andere trainer, was Keizer voor het Technisch Hart de geschikte kandidaat. Het past bij Ajax om eerst intern te kijken naar opvolging, in het verleden zijn vaker hoofdtrainers uit de eigen organisatie aangesteld. De positie van hoofdcoach kwam eerder vrij dan verwacht. Vervolgens zijn wij de gesprekken gestart binnen het Technisch Hart en de directie. En daarna met de RvC en natuurlijk met Marcel zelf. Dat was allemaal positief waardoor we een nog beter gevoel hebben gekregen bij de keuze voor hem. Hij kent de spelers, de organisatie en staat achter de filosofie van de club. Bovendien heeft hij het bij de beloften het afgelopen seizoen, met een duidelijke speelwijze, uitstekend gedaan. Met goede en gevarieerde trainingen heeft hij de spelers zichtbaar beter gemaakt.”
Marcel Keizer: ,,De gesprekken die we hebben gehad waren inderdaad positief en ik voel dan ook vertrouwen vanuit de organisatie. Ik had mij ingesteld om met Jong Ajax komend seizoen weer een goed resultaat neer te zetten in de Jupiler League, maar in het voetbal kan het plots anders lopen. Dit is uiteraard een hele mooie kans die ik met beide handen beetpak. Momenteel heb ik nog vakantie maar ik zet binnenkort vol trots mijn handtekening onder het nieuwe contract. Ik kan niet wachten om weer op het veld te staan, we moeten er gezien het Europese programma al vroeg klaar voor zijn. Het doel is om de lijn en speelwijze van het afgelopen jaar door te trekken, er een prachtig seizoen van te maken waarbij we uiteraard voor de prijzen gaan.”